#NEXUS [This data set consists of 106 loci with one allele for each of eight species. Data set from Rokas, A., Williams, B.L., King, N. and Carroll, S.B. Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies. Nature 425:798-804, 2003.] Begin data; Dimensions ntax=8 nchar=127026; Format datatype=dna missing=? interleave=yes; Matrix Scer TCTTTATTGACGTGTATGGACAATTCGCAATTAACGGCATCATTCTTTGATGTGAAATTTTACCCCGATAATAATACTGTTATCTTTGATATTGACGCTA Spar TCTTTGTTAACGTGCATGGACAATTCGCAATTAACGGCATCATTCTTTGATGTAAAATTTTACCCTGATAATAATACTGTTATTTTTGATATTGACGCTA Smik TCCTTGCTAACATGCATGGACAATTCGCAATTAACGGCATCTTTCTTTGATGTGAAATTCTACCCTAGCAATAATACTATTATCTTTGATATCGACGCTA Skud TCTTTGCTAACGTGCATGGATAATTCGCAGTTAACGGCGTCTTTCTTTGACGTGAAATTCTACCCTGATAATAATACTGTCATCTTTGATATAGACGCTA Sbay TCTTTACTAACGTGCATGGATAACTCGCAATTAACAGCGTCTTTCTTTGACGTGAAGTTTTACCCCGGCAACAACACCATTATCTTTGATATCGACGCTA Scas TCACTATTAACATGTATGGATAACTCACAATTTACAGCATCCTTCTTCGATGTCAGATACTATCCTCACAATAATACTGTCATATTTAACGTCGATGCCA Sklu TCTCTTCTAACGTGCATGGTGAACTCGCAGTTTTCTTCCACCTTTTTTGACGTCAAGTTTTATCCAGGAAACAAAACAGTGGTTTTCAACATTGACGCAA Calb TCTCTTTTGACATGTATGGAAAACTCCCAATTTACAGCTTCATTTTTTGATATTGTATTTTACCCTGGGAACAATTCTGTTGATTTTAATGTGGTGGCCA Scer 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YAL053W,YAR007C,YBL015W,YBL091C,YBR039W,YBR056W,YBR070C,YBR110W,YBR126C,YBR162C,YBR179C,YBR198C,YCL054W,YCR017C,YDL006W,YDL031W,YDL116W,YDL126C,YDL148C,YDL166C,YDL195W,YDL215C,YDL238C,YDR021W,YDR054C,YDR072C,YDR101C,YDR176W,YDR361C,YDR443C,YDR465C,YDR484W,YDR531W,YEL037C,YER005W,YER087W,YER090W,YFR044C,YGL001C,YGL192W,YGL205W,YGL225W,YGL253W,YGR005C,YGR094W,YGR194C,YGR285C,YHL014C,YHR019C,YHR137W,YIL109C,YIR008C,YJL100W,YJR117W,YKL104C,YKR089C,YLL029W,YLR253W,YLR389C,YML021C,YML110C,YMR015C,YMR186W,YNL062C,YNL104C,YNL155W,YNL201C,YNL248C,YNL287W,YNR038W,YOL049W,YOL097C,YOL145C,YOR025W,YOR158W,YOR197W,YOR361C,YPL028W,YPL104W,YPL106C,YPL169C,YPL195W,YPL210C,YPR074C,YPR140W,YPR181C,YIL088C,YIL090W,YIL125W,YJL085W,YJL087C,YJR068W,YJR072C,YKL034W,YKL120W,YKR071C,YKR099W,YML096W,YMR041C,YMR203W,YMR277W,YNL082W,YNL123W,YNL220W,YNL313C,YNR008W; set partition=Genes; lset nst=6 rates=invgamma; prset treeheight=Exponential(0.000001) GeneMuPr=uniform(0.2,2) JointtreePr=1; unlink topology=(all) brlens=(all) genemu=(all) shape=(all) Statefreq=(all)tratio=(all) revmat=(all) pinvar=(all); mcmc ngen=80000000 samplefreq=6000 nrun=1 nchain=4 ; quit; end; Begin best; -1 # positive number: seed defined by user. negative number: random seed; 1000 900 10 # max gen for species tree, savefreq, printfreq; 1 3 1 # 1:using inverse gamma. prior of theta, gamma(alpha,beta); 106 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 #infile; Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb # Taxa names in the gene trees; 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 # mutation ratio; 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 # haploid gene:1; 8 1 1 1 1 1 1 1 1 # number of species, number of taxa in each species; Scer Spar Smik Skud Sbay Scas Sklu Calb # the taxa in the species tree; end;